ОБСУЖДЕНИЕ:
У меня вода в багажнике не наблюдалась, но конденсат который часто образуется на стекле багажника и в самом багажном отсеке приподнес неприятный сюрприз. Этим летом, после 2-х зим я обнаружил ржавые подтеки на уплотнительной резинке двери багажника. Долго искал скрытые очаги коррозии, а все было на виду – внутри на двери из под уплотнительной резинки стекла проступила рыжая полоса. Пришлось из проволки делать крючок для приподнимания резинки и залил туда мовиль. Пока ржавчина не проявлялась. Но работы навеяли на меня воспоминания об ухаживании за отечественными авто. А кстати один раз у меня протекала вода через уплотнительную резинку, когда между ней и пятой дверью наверху попал провод через который к двери подводится обогрев и освещение номера, просто он немного вылез из двери, пришлось его обратно запихнуть. В общем, посмотри внимательно.

У меня было тоже самое. Затекала вода через уплотнительную резинку стекла (я не знаю как она прввильно завется). Промазал герметиком и все прошло.

Тоже текла вода во время дождя, правда в районе водитеского места, причина – наличие в желобах стока (под капотом) листьев и хвои, после лета.
Не уверен, что эта информация поможет, но пусть лежит здесь в раоне «протечек».

Var 1: А были ли какие-нибудь работы по жестянке задн. части или ремонту зад. фонарей – у меня было и после получения а/м из ремонта оказалось плохое уплотнение между кузовом и задн. фонарем.
Var 2: Есть ли в багажнике резиновый коврик – если есть то возможно конденсирование влаги на внутренней поверхности – у меня такое наблюдалось.
Возможны еще варианты: плохое уплотнение 5-ой двери или остекления багажного отсека.